建邺区政协共7个内设机构：政协办公室(研究室），政协提案委员会，政协委员工作委员会，政协经济科技委员会，政协人口资源环境（城市建设）委员会，政协教卫文体（文史）委员会，政协社会法制（民族宗教）委员会。6个派出机构：政协莫愁湖街道工作委员会、政协兴隆街道工作委员会、政协南苑街道工作委员会、政协沙洲街道工作委员会、政协双闸街道工作委员会、政协江心洲街道工作委员会。

      政协办公室(研究室）下设综合科、秘书科、调研科、行政科和委员联络科五个职能科室。