“建邺”之名源于南京古地名。 汉献帝建安十七年( 212)，东吴孙权为建帝王大业，改秣陵县（今南京）为建业县。晋太康元年( 280)，武帝司马炎改建业为秣陵，并将其西南部划分为临江县。太康二年 ( 281)，改临江县为江宁县，设秣陵县秦淮河以北为建业县。翌年，改建业为建邺，“建邺”之名由此开始。邺者，邺城，河南古地名，系司马氏发迹地，以建邺为名，寓不忘故土之意。隋、唐、宋、元时，区境先后隶属江宁县、归化县、金陵县、白下县。明、清两朝分属上元、江宁两县。太平天国时代，境内一度成为军政指挥中枢要地。中华民国元年 ( 1912)，以秦淮河为界，河东、河西分属江宁市和江东乡。民国22年( 1933)，南京开始设置区级建置，区境为第五区。翌年，秦淮河以西划归上新河区。1949年4月，境地解放。1950年6月，南京重新划区，原第五区改称第四区，原上新河区改称第十一区。 1955年8月定名为建邺区，1967年3月改为红卫区，1973年12月恢复现称。1978年，撤销街道革命委员会，恢复街道办事处。1984年，江东公社凤凰二队、三队、跃进生产队及上新河镇的凤凰西街、茶亭居委会所属地段划归建邺区。后经多次调整，至1995年4 月，建邺区下辖朝天宫、止马营、安品街、莫愁湖、南湖、兴隆6个街道。2002年10月，南京市进行新一轮区划调整，划出朝天宫、止马营 2个街道以及莫愁湖街道的部分地区，划入江心洲镇以及沙洲、双闸街道的部分地区，形成南湖、滨湖、兴隆、南苑、沙洲、双闸、江心洲 7个街道。2012年6月，南湖、滨湖街道合并为莫愁湖街道，形成莫愁湖、兴隆、南苑、沙 洲、双闸、江心洲6个街道。

      1951年1月，南京市第四区召开第一次各界人民代表会议，成立各界人民代表会议协商委员会（简称区协商会）。区协商会协助区人民政府贯彻市人民政府的各项政策法令和市、区各界人民代表会议的决议，向人民政府反映人民的意见和要求。1954年，中共建邺区委统战部成立后，撤销区协商会。1962年1月，成立中国人民政治协商会议江苏省南京市建邺区筹备委员会，协商研究参加单位、名额分配、委员人选的产生原则、方法步骤和会议的有关工作。同年2月，召开区政协一届一次会议，至1965年共召开两届。在此期间，区政协贯彻“长期共存、互相监督”的方针，围绕全区的各项工作和人民群众关心的重要问题，开展协商讨论，提高思想认识，增强统一战线内部团结，贯彻国民经济“调整、巩固、充实、提高”的方针，克服困难，推进社会主义建设。“文化大革命”期间，政协被迫停止活动。1980年6月，区政协召开二届常委扩大会议，恢复区政协组织机构，统一战线工作逐步扩大。1984年7月，中共建邺区政协党组建立。1989年4月，中共建邺区委转发“区政协党组《关于进一步加强政治协商、民主监督的若干意见》的通知”，加强了中共对政协工作的领导。新的历史时期，区政协在中共建邺区委的领导和南京市政协的指导下，高举爱国主义、社会主义旗帜，坚持团结和民主两大主题，紧紧围绕党政中心工作，按照协调关系、汇聚力量、建言献策、服务大局的要求，认真履行政治协商、民主监督、参政议政职能，切实发挥政协协商民主重要渠道作用，为建设现代化国际性城市中心作出了积极贡献。

       第一届区政协（1962.01～1965.01）

       第二届区政协（1965.01～1980.10）

       第三届区政协（1980.10～1984.06）

       第四届区政协（1984.06～1987.04）

       第五届区政协（1987.04～1990.04）

       第六届区政协（1990.04～1993.02）

       第七届区政协（1993.02～1998.01）

       第八届区政协（1998.01～2003.01）

       第九届区政协（2003.01～2007.12）

       第十届区政协（2008.01～2012.03)

       第十一届区政协 (2012.03～2017.01)

       第十二届区政协（2017.01～2022.01）

       第十三届区政协（2022.01～）

       2022年1月7日召开政协南京市建邺区第十三届委员会第一次全体会议，会议选举曹曙为主席，刘嬿、彭卫芳、张进发、章泳为副主席，丁伟为秘书长及常务委员32名。2023年1月3日召开政协南京市建邺区第十三届委员会第二次全体会议,会议选举熊程为副主席及常务委员1名。